Vor dem Eingriff gibt der Zahnarzt eine örtliche Betäubung. Das heißt, Patienten sind bei vollem Bewusstsein, fühlen aber keinen Schmerz. Ist der Zahn durchgebrochen oder hat er gerade Wurzeln, entfernt der Zahnarzt ihn mit einer Spezialzange und Zahnhebel.
Befindet er sich noch tief im Kiefer oder hat er Wurzeln, die miteinander verwachsen oder hakenförmig gebogen sind, entfernt der Zahnarzt den Weisheitszahn mit einer Operation. Dies ist häufiger bei Weisheitszähnen im Unterkiefer der Fall.
Ein derartiger Fall kann dazu führen, dass der behandelnde Zahnarzt den Patienten an einen Mund-Kiefer-Gesichtschirurgen überweist, der den chirurgischen Eingriff vornimmt.
Die betreffende Stelle betäubt der Zahnart lokal. Nach dem Schnitt ins Zahnfleisch klappt der Zahnarzt die Schleimhaut über dem Zahn weg. Der Kieferknochen ist nun sichtbar. Der Zahnarzt kann den Weisheitszahn nun freilegen und entfernen. Anschließend säubert er die Wunde und vernäht die Schleimhaut. Das Entfernen der Fäden steht sieben bis zehn Tage nach dem Eingriff bei einem Kontrolltermin an.